Azide-A-DSBSO crosslinker

目录号: GC71426纯度: >98.00%
Azide-A-DSBSO crosslinker是一种质谱(MS)可裂解、膜渗透性、同源双功能、叠氮标记、酸可裂解的交联肽。

Azide-A-DSBSO crosslinker
Cas No.: 1704097-02-8
规格价格库存数量操作
5 mg¥990.00现货
1
10 mg¥1,575.00现货
1
25 mg¥3,060.00现货
1

文献被引

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  • Nature cover
    Nature
    641, 529–536 (2025)
  • Nature cover
    Nature
    628, 630–638 (2024)
  • Nature cover
    Nature
    632, 686–694 (2024)
  • Nature cover
    Nature
    618, 1017–1023 (2023)
  • Nature cover
    Nature
    610, 366–372 (2022)
  • Cell cover
    Cell
    187(9):2288-2304 (2024)
  • Cell cover
    Cell
    183(7):1867-1883 (2020)
  • Science cover
    Science
    388(6745) (2025)
  • Science cover
    Science
    387(6739) (2025)
  • Science cover
    Science
    387(6734) (2025)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    35, 97–116 (2025)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    34, 683–706 (2024)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    33, 273–287 (2023)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    33, 546–561 (2023)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    33, 904–922 (2023)
  • Cell Research cover
    Cell Research
    31, 1291–1307 (2021)

产品描述 Description

Azide-A-DSBSO crosslinker is a mass spectrometry (MS)-cleavable, membrane-permeable, homobifunctional, azide-labeled, acid-cleavable cross-linked peptide [1]. Azide-A-DSBSO crosslinker carries a bio-orthogonal azide tag that functions as an enrichment handle permitting selective isolation of cross-linked proteins and peptides through azide-based conjugation chemistry and subsequent affinity purification [2]. Azide-A-DSBSO has been used for studying protein-protein interactions (PPI), especially suitable for the study of PPI in living cells[3].

References:
[1] Kaake R M, Wang X, Burke A, et al. A new in vivo cross-linking mass spectrometry platform to define protein–protein interactions in living cells[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(12): 3533-3543.
[2] Matzinger M, Kandioller W, Doppler P, et al. Fast and highly efficient affinity enrichment of Azide-A-DSBSO cross-linked peptides[J]. Journal of Proteome Research, 2020, 19(5): 2071-2079.
[3] Burke A M, Kandur W, Novitsky E J, et al. Synthesis of two new enrichable and MS-cleavable cross-linkers to define protein–protein interactions by mass spectrometry[J]. Organic & biomolecular chemistry, 2015, 13(17): 5030-5037.

Azide-A-DSBSO crosslinker是一种质谱(MS)可裂解、膜渗透性、同源双功能、叠氮标记、酸可裂解的交联肽[1]。Azide-A-DSBSO crosslinker携带一个生物正交叠氮标签,该标签可作为富集柄,通过基于叠氮的共轭化学和随后的亲和纯化,实现交联蛋白质和肽的选择性分离[2]。Azide-A-DSBSO crosslinker已用于研究蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),尤其适用于活细胞中PPI的研究[3]

实验参考方法 Experimental Reference Method

Azide-A-DSBSO crosslinker用于质谱分析本方案仅提供指导,可根据您的具体需要进行修改

(1)制备储备液:在无水DMSO中制备浓度为40mM的Azide-A-DSBSO crosslinker储备液。注意事项:使用前请立即准备。避免冻融循环。

(2)配制工作液:用PBS稀释储备液,配制浓度为1mM的工作液。请根据实际情况调整工质浓度,并立即准备,避免反复冻融。注意:实验当天的工作溶液必须是新鲜的。

使用下表计算交联反应所需试剂的体积。

Reagent

Final Concentration in Mixture

Stock Concentration

Protein sample

0.5-2mg/ml

Varies

Azide-A-DSBSO crosslinker

1mM

40mM in DMSO

DMSO

≤5% (v/v)

-

Cross-linking buffer (HEPES or PBS)

50mM

-

Quenching reagent (Tris-HCl, pH 7.5)

100mM

1M

2. 制备蛋白质样品(纯化样品或细胞裂解液)

(1)在交联缓冲液(50mM HEPES,pH 7.5)中制备蛋白质样品。确保样品中不含会干扰NHS酯反应的含胺化合物(例如Tris、甘氨酸或铵盐)。

(2)将蛋白质浓度调整至0.5-2mg/ml。对于细胞裂解液,于4°C下以17000×g离心15分钟以去除碎片,并使用BCA或Bradford法测定蛋白质浓度。

(3)如有必要,向混合物中加入DMSO以确保相容性,最终DMSO浓度≤5%。

3. 交联反应及分析

(1)加入Azide-A-DSBSO crosslinker工作溶液,立即通过涡旋或移液器混合。

(2)在室温(25°C)下温和振荡孵育反应60分钟。

(3)通过加入1M Tris-HCl(pH 7.5)至终浓度为100mM来终止交联反应。充分混合,并在室温下孵育 15分钟。

(4)使用脱盐柱(MWCO 6-8kDa)或通过PBS透析去除多余的交联剂。

(5)加入DTT至终浓度为10mM以还原二硫键。在37°C下孵育60分钟(或在56°C下孵育30分钟)。

(6)通过添加碘乙酰胺(IAA)至终浓度为 20mM来烷基化游离的硫醇。在室温避光条件下孵育30分钟。通过添加二硫苏糖醇(DTT)至终浓度为5mM并孵育15分钟来终止剩余的IAA。

(7)用50mM、pH 7.5的HEPES稀释样品,以将脱氧胆酸钠浓度降低至1%。以1:50 (w/w)的比例加入赖氨酰内肽酶(LysC),在37°C下孵育2小时。随后以1:50 (w/w) 的比例加入胰蛋白酶,在37°C下孵育过夜(16小时)

(8)对于使用DBCO-琼脂糖珠进行点击化学富集,用PBS洗涤DBCO-琼脂糖珠(每个样品30-50μl悬浮液)三次。将消化后的肽混合物与洗涤过的DBCO-琼脂糖珠混合。在室温下轻轻旋转孵育 2-4小时。通过离心(1000×g;2分钟)沉淀珠子并丢弃上清液。依次洗涤珠子:3次1ml PBS;2次1ml含 0.1% SDS的PBS;2次1ml含6M尿素的PBS;3次1ml含100mM碳酸氢铵

(9)用酸解法从磁珠上洗脱交联肽,将磁珠与0.1%三氟乙酸(TFA)或甲酸在37°C下孵育30分钟,以裂解酸不稳定的C-S键

(10)在浓缩器中干燥洗脱的肽。用0.1%甲酸重新溶解,用于LC-MS/MS分析

4. 注意事项:

(1)为了您的安全和健康,请在操作时穿戴实验服和一次性手套。

(2)本方案及所有试剂仅供科学研究使用

References:

[1] Jiang P L, Zhu Y, Cai J, et al. Optimized In‐Solution and Gas‐Phase Chemistry Enables High‐Efficiency Interactome Mapping by DSBSO‐Based Cross‐Linking Mass Spectrometry[J]. Angewandte Chemie, 2025: e18355.

[2] Matzinger M, Kandioller W, Doppler P, et al. Fast and highly efficient affinity enrichment of Azide-A-DSBSO cross-linked peptides[J]. Journal of Proteome Research, 2020, 19(5): 2071-2079.

产品文档 Product Documents

Purity:>98.00%

化学性质Chemical Properties

CAS 号
1704097-02-8
分子式
C24H33N5O12S2
分子量
647.68 g/mol
溶解性
DMSO : 100 mg/mL (154.40 mM; Need ultrasonic; Hygroscopic DMSO has a significant impact on the solubility of product, please use newly opened DMSO)
保存条件
-20°C, sealed storage, away from moisture
General tips
请根据产品在不同溶剂中的溶解度选择合适的溶剂配制储备液;一旦配成溶液,请分装保存,避免反复冻融造成的产品失效。
储备液的保存方式和期限:-80°C 储存时,请在 6 个月内使用,-20°C 储存时,请在 1 个月内使用。
为了提高溶解度,请将管子加热至 37°C,然后在超声波浴中震荡一段时间。
Shipping Condition
评估样品解决方案:配备蓝冰进行发货。所有其他可用尺寸:配备 RT,或根据请求配备蓝冰。

计算工具摩尔浓度 / 稀释 / 分子量 / 单位换算 / 体内配方 / 溶解度

g/mol